遗传密码又称密码子
遗传密码又称密码子,芒果密码编码同种氨基酸的叶绿因组密码子称为同义密码。同义密码子提供了基因表达和蛋白质进化间的体基联系,维持着生物体遗传密码的使用功能完整性。密码子的偏好使用频率不同,有的性分析密码子使用频率高于其他同义密码子,形成了密码子偏好性。芒果密码不同物种密码子偏性不同,叶绿因组但同一种物种或者亲缘关系相近的体基物种间却使用了相似的偏好性。密码子偏好性的使用使用在基因表达水平、共翻译蛋白质折叠、偏好mRNA的性分析稳定性等,反映了翻译优化中突变偏好与自然选择的芒果密码平衡,因此研究物种密码子偏好性,叶绿因组为探究物种的体基进化模式与其在系统发育史上的地位提供依据。
叶绿体是植物特有的细胞器,具有高度的保守性及较低的进化率,是研究植物条形码最有潜力的基因序列,在植物系统进化、物种鉴定等方面广泛应用。完整的叶绿体基因组为认识进化和自然选择提供机理性的启示。不同基因组有其特有的密码子使用模式,密码子使用模式的分析有助于理解生物体适应性及其在系统发育进化史的地位,有益于基因表达水平的调控与基因的改造。
芒果是著名的热带水果,享有“热带水果之王”之美称。外观秀丽、果香四溢,含有丰富的维生素、蛋白质、胡萝卜素等,营养价值极高,深受大众的喜爱,是南方热区果农增值创收的主要水果之一。目前为止尚未发现芒果密码子使用偏好性相关方面的研究报道,本研究通过对芒果叶绿体基因组密码子组成及相关参数进行分析,首次阐明芒果密码子使用偏好性的特点,确定芒果叶绿体基因组的最优密码子及密码子偏好性发生的因素,为芒果资源保护、性状改良及叶绿体基因组的应用和研究提供参考依据。
1 材料与方法
1.1 基因序列
芒果叶绿体基因组共60个基因序列。为保证结果的准确性,剔除重复且长度小于300bp的编码序列,选择以ATG为起始密码子,以TAA、TAG、TGA为终止密码子的序列,最终选出55条序列进行分析。
1.2 中性绘图分析
统计密码子3个位置上的GC含量,以GC12为纵坐标,GC3为横坐标绘制散点图进行相关性分析。
1.3 相对同义密码子使用度分析
利用CodonW软件对相对同义密码子使用度进行分析。RSCU表示一个密码子的实际使用频率与无偏好性时理论使用频率间的比值。RSCU1时,表示该密码子的使用频率高于其他同义密码子;当RSCU=1时表示该密码子没有偏好性。
1.4 ENC-plot绘图分析
以有效密码子ENC为纵坐标,GC3s为横坐标,绘制散点图,计算公式:ENC=2+GC3s+29/[GC3s2+(1-GC3s)2]。结合ENC比值频率对差异进行量化分析。
1.5 PR2-plot绘图分析
计算各密码子第3位上的A、T、C、G的含量,以A3/(A3+T3)为纵坐标,以G3/(G3+C3)为横坐标进行PR2的偏倚分析。
1.6 最优密码子分析
最优密码子以芒果ENC值为偏性参考标准,选择最低和最高10%的基因构建高低偏性库,分别计算两组的RSCU值与△RSCU值,将RSCU>1的密码子确定为高频率密码子,△RSCU>0.08的密码子定义为高表达密码子。同时满足上述2种条件的密码子定义为最优密码子。
2 结果与分析
2.1 密码子使用的总体特征
对55条芒果叶绿体基因组的密码序列的碱基组成进行分析(表1),叶绿体基因组密码子3个位置上的GC平均含量为37.94%。从密码子不同位置的碱基组成来看,GC在密码子的分布不均匀,GC1、GC2、GC3含量分别为47.14%、39.73%和29.35%,第3位上的GC含量低于前两位,分布趋势为GC1>GC2>GC3。GC3s的含量26.29%,表明密码子中的第3位碱基以A/T结尾为主。
ENC表示偏性的强弱,其理论取值范围为21~61,其值越小表示同义密码子的偏性越强,反之同义密码子的偏性越弱。当ENC值为20时,表示同义密码子完全偏倚;当ENC值为60时,表示同义密码子不偏倚。芒果叶绿体基因组编码序列的ENC值均(48.14)值大于40,分布于35.38~56.56之间,由此可以判断芒果叶绿体基因组密码子的偏性不强。
芒果叶绿体基因密码子参数的相关分析显示GCall和GC1、GC2、GC3极显著相关(表2)。GC1和GC2、GC3显著相关,说明芒果叶绿体基因密码子3个位置上的碱基组成相似。ENC值与GC2显著负相关,与GC3极显著相关,表明第2、3位上的碱基组成,特别是第3位对密码子的偏好性影响较大。
相关链接:维生素,胡萝卜素,蛋白质
声明:本文所用图片、文字来源《热带作物学报》,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系
【遗传密码又称密码子】相关文章:
1.最高相差100元!5大视频平台会员价格对比:苹果手机充值更贵
- 1感情电台案牍治愈夜听感情故事案牍2024/4/5感情漫笔50字
- 2汽车使用的是什么类型的玻璃 玻璃纤维的主要特点,行业资讯
- 3使用3D盖板玻璃有何好处 导电玻璃具有哪些特点呢,行业资讯
- 4智能手机主要品牌客户采用前后盖双面玻璃、3D玻璃后盖,企业新闻
- 5朵唯弄了款1万毫安大年夜电池足机,卖999元,有8+128G内存战侧里指纹
- 6海水中金属铅水质基准定值研究(二)
- 7短期或少两座8.5代厂的产能 明年LCD压力大减,行业资讯
- 8这样的玻璃别墅你见过吗?,行业资讯
- 9姑苏周边漂流往那里比较好玩
- 10离子色谱法测定固体废弃物中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮(一)
- 11电梯可以使用玻璃门吗 汽车玻璃有哪些种类,行业资讯
- 12精炼对油茶籽油三萜类化合物含量的影响(一)
- 13义乌2023年快递量冲破100亿件 成为齐国尾个年快递量超百亿件县级市
- 14论有机生态循环农业标准综合体(二)
- 15玻璃砖有几种制作的方法 空心玻璃砖具有哪些用途,行业资讯
- 16压花玻璃确认质量的方法 压花玻璃装饰应用的范围,行业资讯
- 17国王排名第两季甚么时候出 第两季度更新放支时候公布
- 18玻璃磨边机类型 玻璃加工过程,行业资讯
- 1感情好文300篇糊心感情案牍,深夜感情案牍少篇
- 2艺术玻璃拼镜背景墙怎么安装 艺术玻璃拼镜背景墙安装方法有哪些,行业资讯
- 3镀膜玻璃如何区分正反面 镀膜玻璃的镜面朝哪面好,行业资讯
- 4镀膜玻璃如何区分正反面 镀膜玻璃的镜面朝哪面好,行业资讯
- 5奢侈品市场风云变幻 各方业绩分化明显
- 6什么玻璃能做投影屏幕使用 智能调光玻璃的功能,行业资讯
- 7玻璃磨边机类型 玻璃加工过程,行业资讯
- 8智能手机主要品牌客户采用前后盖双面玻璃、3D玻璃后盖,企业新闻
- 9重庆关于对光伏压延玻璃项目风险预警信息处理意见的公告,产业数据
- 10什么玻璃能做投影屏幕使用 智能调光玻璃的功能,行业资讯
- 11离子色谱法测定固体废弃物中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮(一)
- 12抽烟对女性生殖系统的影响及备孕前的健康调整的重要性:生育健康问题值得关注的五个理由
- 13AMA波尔多2024年期酒报告
- 14大型玻璃如何安装 玻璃雨搭的安装方法,行业资讯
- 15玻璃隔断的类别有哪些 玻璃空心砖的生产方法,行业资讯
- 16什么玻璃能做投影屏幕使用 智能调光玻璃的功能,行业资讯
- 17光枯30战nova7对比哪个好 光枯30战华为nova7有甚么辨别
- 18玻璃震荡下跌节奏,行业资讯